มรดกของ Phantasy Star Online 2 ยังคงดำเนินต่อไปในอีกหนึ่งพันปีต่อมา ในขณะที่หน่วยปฏิบัติการ ARKS รุ่นต่อไปเข้าร่วมกองกำลังกับเผ่าพันธุ์ที่เรียกว่า Meteorn บนดาว Halpha เพื่อป้องกันภัยคุกคามใหม่ The Dolls Phantasy Star Online 2: New Genesis เป็นเกม RPG ออนไลน์แบบเปิดที่มีวงจรกลางวันกลางคืน เอฟเฟกต์สภาพอากาศ และระบบการต่อสู้ที่ปรับปรุงใหม่ นอกจากนี้ยังแนะนำวิธีเดินทางไม่ในเกมที่แล้ว รวมถึงการร่อน ทั้งหมดนี้สร้างขึ้นจากเอ็นจิ้นกราฟิกใหม่ แม้จะแตกต่างจาก PSO2 แต่เกมยังคงเชื่อมต่ออยู่ โดยผู้เล่นสามารถเคลื่อนที่ไปมาผ่านไคลเอนต์ได้ ผู้เล่นในต้นฉบับสามารถนำตัวละครที่สร้างขึ้นแล้วในเกมต้นฉบับ รวมถึงบางรายการใน New Genesis สำหรับผู้ที่เล่นเกมดั้งเดิม New Genesis จะคุ้นเคยในหลายๆ ด้าน เกมดังกล่าวมีอินเทอร์เฟซ ประเภทภารกิจ และคุณสมบัติอื่นๆ ที่คล้ายคลึงกัน พวกเขาทั้งสองมีคลาสประเภทเดียวกัน และเช่นเดียวกับเกมดั้งเดิม ผู้เล่นจะใช้ Mags ในการต่อสู้ ผู้เล่นที่เพิ่งเข้าสู่จักรวาล Phantasy Star Online 2 ผ่าน New Genesis จะสามารถใช้ประโยชน์จากความสัมพันธ์กับเกมดั้งเดิมได้ เกมดังกล่าวใช้ไคลเอนต์เดียวกันและผู้เล่นสามารถย้ายไปมาระหว่างพวกเขาและรวบรวมอุปกรณ์จากเกมดั้งเดิมเพื่อใช้ใน NGS
